Земля оказалась под угрозой вторжения инопланетян, желающих установить свой контроль над планетой. В Японии официально заявили, что большая часть человечества была уничтожена, а выжившие вынуждены существовать в строгих условиях. Токио превратилось в отрезанный от мира город, где власти не разрешают никому покидать его пределы, а за нарушения следует суровое наказание. Камина Аято, который недавно получил школьный аттестат, проживает только с матерью, занятой работой настолько, что она практически утратила связь с материнскими обязанностями, что вызывает многочисленные конфликты и недопонимание между ними.
Оставшихся живыми на планете насчитывается всего около двадцати миллионов человек, и казалось, что испытания для человечества ещё не завершены. Вскоре началась новая война, и в ответ военные задействовали новейшее оружие, чтобы справиться с неопределенной угрозой. Страх поглотил Токио, и в этот момент Аято встречает женщину, которая предлагает ему управлять Ра-Зефоном — развитым роботизированным боевым аппаратом. С этим новым союзником у Аято появляется шанс защитить своих близких и друзей от нависшей угрозы.