Кобато — это девушка, оказавшаяся в нашем мире с особой миссией, о которой она сама не имеет воспоминаний. Она знает только, что должна выполнять различные задачи, чтобы осуществить свои мечты. Подобно многим молодым людям, Кобато обладает множеством желаний, и она решает, что лучший способ их реализации — помогать другим. Она поступает на службу в местный храм, где руководит священнослужитель по имени Ханатакэ, который принимает её в помощники. Кобато начинает работать на благотворительном базаре, даря помощь тем, кто в ней нуждается. Её начало оказалось непростым, но вскоре она набирается опыта и становится настоящим профессионалом в своем деле.
С течением времени, героине становится известно, что за каждым исполненным желанием она теряет кусочек собственной жизни — об этом её предупреждает Ханатакэ. Несмотря на это, Кобато не желает останавливаться. В ходе работы на базаре она знакомится с разными личностями, каждая из которых несёт свою уникальную историю и стремления. Со временем Кобато становится ближе с Ханатакэ, который помогает ей понять свою истинную суть и роль в этом мире. В итоге Кобато осознает, что её собственные желания нельзя исполнять за счёт своей жизненной силы. Она приходит к пониманию, что должна стремиться к своим целям, не принося вреда себе и окружающим.