Аниме развивается в контексте вселенной, преобразованной глобальным катаклизмом, спровоцированным приходом драконов. Мир людей стоит на грани выживания, и особая разновидность людей, названных "Девушки-Драконы", способных обуздывать энергию драконов, играет ключевую роль в этой борьбе. Ключевым персонажем является Юко Канзаки, одна из этих способных людей. Пострадав от "вируса дракона" в ранние годы, она обрела возможность взаимодействовать с драконом по имени Фафнир, который славится своими несравненными силами. Юко поступает в академию для Девушек-Драконов, где ей удается встретить других девушек со способностями к контролю над драконами.
Но когда общество начинает терять баланс из-за новоиспеченной угрозы, Юко вместе с ее товарищами должны объединиться, чтобы столкнуться с ней. Встретившись с новым неприятелем, который стремится истребить существующий мир, они начинают раскрывать тайну, стоящую за катастрофой, что преобразило их мир. История продолжается, и Юко вместе со своими друзьями обязаны защитить мир от грозящего опасности из прошлого. Встречаясь с пугающим противником, жаждущим разрушить все, что для них ценно, Юко и ее соратники обязаны приложить все свои навыки и мудрость, чтобы стать победителями в этом битве и очистить мир от начинающегося кризиса.