В отдаленном будущем, 2185 году, история сфокусирована на лейтенанте Джеймсе Веге, который остается наедине после космической катастрофы с первым кораблем "Нормандия" и исчезновения капитана Шепарда. В неприступных системах Терминус внезапно теряются человеческие поселения, которые подвергаются новым рискам после провала миссии "Властелин". Долг и обязательства ведут Вегу навстречу неизвестным противникам, и когда над угрожаемой колонией начинает сгущаться мрачная тень, на лейтенанте лежит ответственность действовать.
Вега оказывается перед подвигом спасения нашей планеты, не имея возможности рассчитывать на подмогу, и должен опираться только на собственную храбрость и сплоченность своего отряда, подражая своему знаменитому предшественнику, капитану Шепарду. Джеймс понимает тяжесть принимаемых решений и осознает, что идеальная альтернатива во многих ситуациях просто не существует; иногда следует смириться с ошибками и продолжать двигаться вперед. Во время своего путешествия лейтенант сталкивается с этическими проблемами и сложными зарубками, которые незаметно формируют его личность и приводят к существенным этапам самоосознания. Это пробуждение в неизвестных просторах космоса и глубинах человеческого сознания, где главный герой соприкасается с самим собой, своим предназначением, и где он отстаивает право на существование, борясь за свое выживание.