Когда-то англиканская церковь создала защитное агентство "Хеллсинг" под управлением Королевского ордена протестантских рыцарей для защиты Великобритании и её монархии от вампиров и других сверхъестественных угроз. Настоящим руководителем организации стала Интегра Хеллсинг, которая контролирует элитные подразделения и вампира по имени Алукард, покорённого её предками и клянущегося служить семье Хеллсинг.
Интегра регулярно сталкивается с нападениями от образования под названием 13-й сектор Ватикана, но внимание организации привлекают и более серьёзные враги. На улицах городов возникают новые вампиры, созданные при помощи технологии микрочипов. Основной целью этой неизвестной силы, похоже, являются Алукард и сама организация "Хеллсинг".
Со временем все больше нападений на агентство начинают осуществлять вампиры, превращённые группой нацистов, стремящихся возродить Третий рейх под знаменем "Миллениум". Этот конфликт превращается в открытую войну на улицах Лондона между "Миллениумом", "Хеллсингом" и 13-м сектором Ватикана. "Миллениум" объявляет своё намерение победить Алукарда, продолжая вражду, уходящую корнями во времена Второй мировой войны, и установить свой контроль над Англией.